◇IE 「Webサイトで、このプログラムを使ってwebコンテンツを開こうとしています」
「このプログラムは保護モードの外で開かれます。Internet Explorer の保護モードはお使いのコンピュータを保護するのに役立ちます。この Web サイトを信頼していない場合は、このプログラムは開かないでください。」
◆このメッセージは、Internet Explorer が持っていない機能を使おうとするときに表示されます。
要は、IEにはない機能だけど、Windowsが持っているから流用しよう。ということですね。
アドオン全般でも表示されることはありますし、どういうことか、MS-IMEも引っかかります。
IE11より古いものは、フラッシュプレイヤーが起動するときや、フラッシュゲームそのものを独立したウィンドウで開くときに、表示されるかもしれません。
まあ、八割方は全く問題ないはずです。自分が何をしようとしたか考えれば、たぶんそんなに難しくないはずです。
IMEが引っかかっているときは「今後表示しない」にチェックを入れないと、延々と出続けます。
これはWindowsUpDateでも発生するので、記事をトップに持ってきていたら何か起きてるなーと思ってください。
ということで、追記には画像をピックアップしてみました。
MS-IME2007 検索窓に文字を入れるときに。

MS-IME これも検索窓に文字を入れるとき。

JAVA(ちょっと文面が違いますね)

MS-Outlook メーラーをWEBから起動するときなどに。
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