◇このiPhoneから削除し、このiTunesライブラリと同期してもよろしいですか？

　「既存の音楽、ムービー、テレビ番組、ブック、および着信音をこのiPhoneから削除し、このiTunesライブラリと同期してもよろしいですか？」
　ほかのiTunesライブラリから[接続した機器]に同期された音楽、ムービー、テレビ番組、ブック、着信音が削除され、このiTunesライブラリのものが同期されます。

・iTunesを使って、音楽をiPhoneに移動（同期）しようとすると表示されるメッセージです。

　これは、iPhoneの音楽（動画、TV番組、ブック、着信音含む）が、一つのiTunesライブラリとしか同期出来ないために発生します。
　メッセージの「削除して同期」をクリックすると、今のiPhoneの中身が消えて、新しいiTunesの中身に入れ替わります。

＜解説＞
　最初に＜Ａ＞というパソコンでiTunesを使用し、そこからiPhoneに音楽を取り込みます。この時点では、警告は表示されません。

　次に、何かの事情で別のパソコンからiTunesを使用し、音楽などを同じiPhoneに取り込もうとした場合、上記の警告が表示されます。

　この警告は、個々の事情を鑑みたりしません。最初に使ったパソコンが壊れたなどで取り込んだ音楽がどこにも残っていなくても、同様のメッセージが表示されます。
　同意すると、iTunesの中の音楽類は消え去って、PCにある音楽に入れ替わります。
　そして、このメッセージに同意しなければ、iPhoneに新しい曲を入れることは出来ません。

　では、どうすれば「iPhoneにしか残っていない音楽類」を保存しつつ、新しい曲を入れることが出来るのか？

　答えは、[iCloud]です。
　iPhoneを利用するには、AppleIDが必須です。となれば、AppleIDを利用して、iCloud、つまりはインターネット上に、音楽データを保存することが可能です。
　そうやってデータを退避させた上で作業すれば、二度と手に入らない音楽」はiCloud上に残っているので、取り戻せます。

　という前提で、AppleはiTunesを構成しているようです。

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　あ、「音楽類」としているのは、消えるのはあくまで音楽関係のデータ(動画含む)であり、写真類には影響がないとされているためです。
　実際、写真はドラッグ＆ドロップでコピー出来るので、扱いが違うみたいですね。